新生儿发烧39度属于高热，需及时采取措施降温。首先要尽快进行物理降温，比如用温水擦拭新生儿的额头、颈部、腋窝、腹股沟等部位，通过水分蒸发来带走热量，帮助降温，一般擦拭时间可保持在10~15分钟左右。
物理降温方法
温水擦浴： 准备32~34℃的温水，用毛巾浸湿后轻轻擦拭新生儿的皮肤。要注意避开新生儿的前胸、腹部、足底等部位，这些部位对温度变化敏感，可能会引起不适。使用退热贴： 将退热贴贴在新生儿的额头部位，退热贴中的成分可以通过凝胶的水分蒸发带走热量，起到辅助降温的作用。但要注意如果新生儿皮肤有破损或者对退热贴过敏，就不能使用。
及时就医判断病因
观察伴随症状： 除了关注体温外，还要观察新生儿是否有其他伴随症状，比如是否有咳嗽、流涕、呕吐、腹泻等情况。如果同时伴有咳嗽，可能是呼吸道感染引起的发烧；如果有呕吐、腹泻，可能是胃肠道感染导致。尽快送医检查： 新生儿发烧39度属于比较严重的情况，应尽快带新生儿到医院就诊。医生会通过检查血常规、C - 反应蛋白等项目来判断发烧的原因，是细菌感染还是病毒感染等，然后进行针对性的治疗。
医院可能采取的措施
药物降温（谨慎使用）： 如果物理降温效果不佳，医生可能会根据新生儿的情况考虑使用药物降温，但新生儿用药非常谨慎。一般可能会使用对乙酰氨基酚等相对安全的药物，但剂量严格按照新生儿的体重等情况来确定，家长不能自行给新生儿使用药物。住院观察： 如果新生儿发烧是由比较严重的感染等情况引起，可能需要住院观察治疗，医生会密切监测新生儿的体温、精神状态等情况，给予相应的抗感染等治疗措施。