怀孕三个月肚子疼可能是正常生理反应，也可能是由急性肠胃炎、先兆流产等因素导致。
一、正常生理反应：在怀孕进程中，随着胎儿不断成长，会对腹部及宫腔形成一定的刺激，这样就可能致使怀孕三个月时出现肚子疼的状况。
二、急性肠胃炎：有些孕妇在怀孕期间倘若不注重个人饮食，比如食用辛辣刺激性食物或者不干净的食物，就有可能引发急性肠胃炎，从而出现肚子疼的症状。
三、先兆流产：要是胎儿发育不稳定，出现先兆流产情况，往往会产生较为显著的肚子疼表现，同时还可能伴有阴道流血等反应。
总之，怀孕三个月肚子疼的原因多样，需根据具体情况进行分析判断。