孕三个月肚子疼可能由多种原因引起，包括：
1.子宫增大：怀孕后，子宫会逐渐增大，以适应胎儿的生长。这个过程中，子宫可能会出现牵拉痛。
2.子宫收缩：如果肚子疼伴随着子宫收缩，可能是先兆流产或早产的迹象。
3.其他原因：如肠痉挛、肠胃炎、阑尾炎等腹部疾病，也可能导致肚子疼。
对于孕三个月肚子疼的情况，建议采取以下措施：
1.休息：立即停止活动，卧床休息，避免劳累和紧张。
2.观察症状：注意观察肚子疼的程度、频率、是否伴有阴道流血、破水等其他症状。
3.联系医生：如果肚子疼持续不缓解或伴有其他异常症状，应及时联系医生或前往医院就诊。医生会进行详细的检查，确定肚子疼的原因，并给予相应的治疗建议。
需要注意的是，在怀孕期间，任何异常情况都应引起重视，及时就医，以确保孕妇和胎儿的健康。