疱疹性咽峡炎通常由肠道病毒引起，一般来说，对症治疗的药物较为常用。目前并没有单一一种药绝对最管用的情况，而是要根据症状来选择合适药物。比如发热时可使用对乙酰氨基酚等退烧药；若有继发细菌感染迹象，可能会用到抗生素，如青霉素类等，但具体用药需遵医嘱。
针对症状的常用药物
退热药物：如果患儿体温超过38.5℃，可以使用对乙酰氨基酚，它能通过抑制前列腺素合成来发挥退热作用，适用于3个月以上的儿童等人群。还有布洛芬也是常用的退热药物，6个月以上的患儿可使用，它能抑制环氧化酶，减少前列腺素合成，从而起到退热、镇痛效果。缓解咽痛药物：对于咽痛明显的患儿，可使用含服的药物，如西地碘含片，它可以在唾液作用下迅速释放出碘，有杀菌抗感染的作用。也可以使用清喉咽合剂等中成药，有清咽解毒的功效，能缓解咽痛症状。
抗病毒药物的使用情况
常用抗病毒药物：目前对于肠道病毒引起的疱疹性咽峡炎，并没有特效的抗病毒药物。一般来说，病情较轻的患儿，机体自身的免疫力有可能抵御病毒，不需要常规使用抗病毒药物。但对于病情较重、免疫功能低下的患儿，可能会考虑使用干扰素等药物，干扰素具有抗病毒、调节免疫等作用，但使用需谨慎评估。
特殊人群用药注意
儿童用药注意：儿童使用药物时需格外谨慎，比如退热药物对乙酰氨基酚，2个月以下婴儿禁用，6个月以上儿童使用时要严格按照体重计算剂量。在使用清喉咽合剂等中成药时，也要根据儿童的年龄、体重等调整用量，并且要密切观察儿童用药后的反应。孕妇用药注意：孕妇若患上疱疹性咽峡炎，用药更要慎重。一般不建议自行用药，因为很多药物可能会通过胎盘影响胎儿，需要及时就医，由医生根据孕妇的具体情况权衡利弊后选择合适的治疗方案，尽量选择对胎儿影响较小的药物来进行对症处理。