灰指甲的治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来治疗。通常外用抗真菌药物疗程较长，可能需要3~6个月甚至更久，而口服抗真菌药如伊曲康唑胶囊，采用冲击疗法，一个疗程大概需要2~3个月。
外用药物治疗
局部涂抹药物：常用的有阿莫罗芬搽剂，它可以通过改变真菌细胞膜的完整性来发挥抗真菌作用。每周使用1~2次，坚持使用能抑制真菌生长。但要注意，涂抹时要先清洁病甲，保证药物能充分接触病甲部位。封包削治：可以先将病甲用温水泡软，然后用刀片轻轻削除病甲，之后再外用抗真菌药物，这样能让药物更好地渗透进入甲下组织，提高治疗效果，但操作时要小心，避免损伤周围正常皮肤。
口服药物治疗
伊曲康唑胶囊：它是一种合成的三氮唑类抗真菌药，作用机制是抑制真菌细胞色素P450酶系统，从而影响真菌细胞膜的合成。采用冲击疗法，即服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2~3个疗程，不过在服用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响，有肝脏疾病的患者要谨慎使用。特比萘芬片：能选择性抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜麦角固醇的合成，发挥抗真菌作用。一般每天口服一次，连续服用12周~16周，同样，服用前也需要检测肝功能，孕妇和哺乳期女性要避免使用。
手术治疗
拔甲术：过去常用的方法，是将病甲拔除。但这种方法创伤较大，术后恢复时间长，而且新长出来的指甲也有可能再次感染真菌，现在已经较少单独使用，多配合药物治疗一起。激光治疗：利用特定波长的激光照射病甲部位，通过光热效应破坏真菌细胞。一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，相对来说创伤较小，但费用可能较高，而且不是所有患者都适合激光治疗，需要医生评估病情后决定。