霉菌性龟头炎的治疗药物主要有外用抗真菌药物和口服抗真菌药物。一般来说，外用药物使用较为普遍，像克霉唑乳膏等就是常见的外用选择。
外用抗真菌药物
克霉唑乳膏： 这是一种广谱抗真菌药，能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时需清洁龟头后，将药膏适量涂抹于患处，一般每天使用1 - 2次。不过，对克霉唑过敏者禁用。咪康唑乳膏： 同样属于外用抗真菌药，可干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌固醇的生物合成，达到抗菌效果。使用方法是洗净龟头后局部涂抹，每日早晚各一次。但孕妇及哺乳期妇女应慎用。
口服抗真菌药物
氟康唑： 是一种口服的三唑类抗真菌药，通过抑制真菌细胞色素P450依赖酶，阻碍真菌细胞膜主要成分麦角固醇的生物合成，进而发挥抗真菌作用。对于病情较严重或反复发作的霉菌性龟头炎患者可能会用到，通常单次口服一定剂量，但肝肾功能不全者需慎用。伊曲康唑： 也是口服抗真菌药，它可以高度选择性地抑制真菌细胞的细胞色素P450酶，阻断真菌细胞膜上麦角固醇的合成，起到抗真菌功效。一般需要按疗程服用，但孕妇禁用，有严重肝病史者也要避免使用。
特殊人群用药注意
儿童患者： 儿童患霉菌性龟头炎时，使用抗真菌药物需格外谨慎。一般不建议儿童随意使用口服抗真菌药，外用药物也应在医生指导下选择刺激性小且合适的药物，因为儿童皮肤黏膜较为娇嫩，药物吸收等情况与成人不同。孕妇患者： 孕妇得了霉菌性龟头炎，外用抗真菌药物相对更安全一些。在选择外用药物时要咨询医生，避免使用可能对胎儿有影响的药物，口服抗真菌药物一般是禁用的，因为口服药可能会通过胎盘影响胎儿发育。