验孕棒显示怀孕但B超看不见可能存在以下情况：一是受孕时间短；二是异位妊娠；三是生化妊娠；四是其他疾病所致验孕棒阳性。
一、受孕时间短：通常最早在受精后1周，验孕棒就可能检测出阳性结果，而B超检查最早要在受精3周左右才可能看到孕囊。如果受孕时间比较短，就可能出现验孕棒显示怀孕，而B超却看不见的情况。
二、异位妊娠：若为异位妊娠，会表现为验孕棒阳性，但B超检查看不到孕囊。此时还需要通过抽血检测绒毛膜促性腺激素，并复查B超等来进一步明确诊断。
三、生化妊娠：已经受精，然而受精卵未成功着床，验孕棒会呈现阳性，可B超检查看不到孕囊。如果抽血检测绒毛膜促性腺激素，其血值通常会较低。生化妊娠属于亚临床流产，一段时间后可能会表现为类似月经样的出血。
四、其他疾病所致验孕棒阳性：妊娠滋养细胞肿瘤、生殖细胞肿瘤以及其他一些恶性肿瘤如肺、肾上腺及肝脏肿瘤等都可能产生绒毛膜促性腺激素，从而导致验孕棒测试呈阳性结果。
总之，当验孕棒显示怀孕但B超检查看不见时，需要严格遵循医嘱进行复查以明确情况，必要时可能需要进行进一步检查来排除其他疾病。