怀孕通常指妊娠，小肚子通常指小腹。妊娠两个月小腹隐隐作痛，可能有以下原因：
一、子宫增大：妊娠两个月时，体内激素变化显著，胚胎不断生长，子宫会随之增大。子宫增大后，其周围韧带受牵拉，从而导致小腹部疼痛。这属于正常生理现象，通常无需特殊处理。
二、先兆流产：妊娠早期（两个月）时胚胎尚不稳定，若孕妇情绪过激或受到外界物理刺激，容易引发先兆流产。其表现为阴道出血，常为少量出血或褐色分泌物，同时伴有小腹疼痛。此时可遵医嘱使用保胎无忧片、保胎灵胶囊等药物来缓解症状。
三、异位妊娠：若出现小腹部一侧疼痛，并伴有不规则阴道出血，可能是发生了异位妊娠。这种情况下，可在医生指导下服用米非司酮片、甲氨蝶呤片等药物进行治疗。
此外，还可能存在其他原因，如葡萄胎、子宫肌瘤、盆腔癌等。若不适症状严重，应及时前往医院就诊。总之，妊娠两个月小腹隐痛的原因多样，需根据具体情况进行诊断和处理。