怀孕通常指妊娠，小肚子通常指小腹。妊娠两个月小腹隐隐作痛，可能由以下原因导致：
一、子宫增大：妊娠两个月时，体内激素变化显著，胚胎持续生长，子宫会相应增大。子宫增大后会牵拉周围韧带，从而引起小腹部疼痛。这属于正常生理现象，通常无需特殊处理。
二、先兆流产：妊娠早期，即妊娠两个月时，胚胎尚不稳定，若情绪过激或受到外界物理刺激，易引发先兆流产。其症状表现为阴道出血，多为少量出血或褐色分泌物，同时伴有小腹疼痛。可遵医嘱服用保胎无忧片、保胎灵胶囊等药物来缓解症状。
三、异位妊娠：若小腹部一侧疼痛，且伴有不规则阴道出血，可能是发生了异位妊娠。可在医生指导下服用米非司酮片、甲氨蝶呤片等药物进行治疗。
此外，还可能有其他原因，如葡萄胎、子宫肌瘤、盆腔癌等。若不适症状严重，应及时前往医院就诊。
总结概况提示：妊娠两个月小腹隐痛的原因包括子宫增大、先兆流产、异位妊娠等，还有可能是其他疾病所致，要根据具体情况进行诊断和处理，症状严重时需及时就医。