关键点：肛门闭锁的原因包括基因突变、环境污染、综合征表现、遗传因素、胚胎发育因素、药物因素等，常合并其他畸形，具体原因不明确。
一、肛门闭锁的原因：
1.基因突变：基因的突变可能导致肛门闭锁的发生。
2.环境污染：外界环境的污染也是原因之一。
3.综合征表现：其本身可能是某种综合征的一个表现。
4.遗传因素：存在遗传方面的影响。
5.胚胎发育因素：与胚胎发育过程中的异常有关。
6.药物因素：某些药物可能引发该情况。但具体的致病原因确实还不是非常清楚。
二、肛门闭锁与其他畸形：先天性肛门闭锁约40%到70%左右会合并其他畸形，常见的有泌尿道畸形，以及脊髓、脊柱、脑骨、心脏、食道等其他各个部位的合并畸形。
总结：肛门闭锁的原因较为复杂且多样，包括了基因突变、环境污染等多种因素，常伴有较高比例的其他畸形，但其具体成因还未完全明确。