扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起，其中最常见的是A组乙型溶血性链球菌，约占细菌性扁桃体炎的10%~30%。
病原体感染因素
细菌感染： 除了A组乙型溶血性链球菌，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可能引发扁桃体发炎。比如金黄色葡萄球菌感染，就容易导致扁桃体出现红肿、疼痛等炎症表现。病毒感染： 常见的有腺病毒、鼻病毒、单纯疱疹病毒等。像腺病毒感染引起的扁桃体炎，往往会伴有发热、咽喉疼痛等症状，而且具有一定的传染性，在人群密集的场所容易传播。
自身免疫力因素
免疫力低下时易发病： 当人体过度劳累、长期睡眠不足、营养不良等情况出现时，身体的免疫力会下降。例如，长期熬夜的人，免疫系统功能受到影响，就更容易遭到病原体侵袭，引发扁桃体发炎。儿童由于免疫系统还未完全发育成熟，相对成年人来说免疫力更弱，所以儿童扁桃体发炎的发生率也相对较高。反复感染易成慢性： 如果扁桃体炎反复发作，就容易转变成慢性扁桃体炎。一旦转为慢性，扁桃体就会长期处于炎症状态，时不时就会出现不适，还可能引发其他并发症，如风湿性关节炎、肾炎等。
环境因素影响
季节变化影响： 在季节交替的时候，气温变化较大，如果没有及时增减衣物，人体容易受到外界环境影响。比如秋冬季节，气温较低，人体呼吸道防御功能下降，这时候就更容易患上扁桃体发炎。空气污染的作用： 长期处于污染严重的环境中，空气中的有害颗粒、化学物质等会刺激扁桃体黏膜。例如在工业污染严重的地区，空气中的有害气体被人体吸入后，会对扁桃体造成不良影响，增加扁桃体发炎的发生几率。