刚怀孕就自然流产的原因包含众多方面，主要有胚胎自身的因素、母体的因素、环境因素等。
一、胚胎自身的因素：
1.胎儿染色体异常属于怀孕早期自然流产极为常见的原因。其中染色体异常涵盖了结构异常和数目异常。常见的数目异常包括13-三体、16-三体、21-三体、X单体、三倍体等；结构异常则有平衡易位、缺失等。
二、母体的因素：
1.母亲若在怀孕早期存在严重感染、贫血或心力衰竭等情况。
2.母体有内分泌异常，例如甲状腺功能低下、黄体功能不全等。
3.怀孕后母体受到精神刺激，或是有不良生活习惯等，都可能引发孕早期自然流产。
三、环境因素：
1.在怀孕早期接触过多的放射线。
2.接触化学性物质等，均会致使胚胎发育异常，进而造成自然流产。
怀孕早期自然流产时，妊娠物通常多能完全排出，一般不用特殊处理。但如果反复发生自然流产，就应该前往生殖医学科做进一步检查，以明确原因。
总结概况提示：刚怀孕就自然流产的原因可从胚胎、母体、环境等方面来分析，不同因素会通过不同途径影响胚胎发育导致流产，对于反复自然流产需重视并进一步检查。