肛瘘一般需要通过手术治疗，目前常用的手术方式有肛瘘切开术、肛瘘挂线术等，其中肛瘘挂线术大约需要1~2周时间来逐渐切割瘘管，而肛瘘切开术相对恢复时间可能在1个月左右。
手术治疗方式
肛瘘切开术：适用于低位肛瘘，是将瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长使伤口愈合。术后要保持创面清洁，每天需要坐浴等护理。肛瘘挂线术：多用于高位肛瘘，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。挂线后要注意观察挂线情况，保持局部清洁。
非手术治疗情况
药物辅助：在手术前后可能会使用抗生素来预防或控制感染，比如口服头孢类抗生素等，但药物不能替代手术治疗肛瘘。一般只是作为辅助手段来减轻炎症等情况。
术后护理要点
创面清洁：术后要每天用温水坐浴，一般建议坐浴时间在15~20分钟，每天1~2次，保持肛门局部清洁，促进创面愈合。饮食注意：术后要避免吃辛辣刺激性食物，如辣椒、花椒等，多吃蔬菜水果等富含膳食纤维的食物，保持大便通畅，每天保证1~2次正常排便，避免大便干结刺激创面。休息与活动：术后要注意休息，避免剧烈运动，但也不宜长时间卧床，可适当进行散步等轻度活动，促进血液循环，利于创面恢复。