重复阴茎是一种较为罕见的先天性外生殖器畸形，其确切病因目前尚未完全明确，但一般认为与胚胎发育过程中的异常有关。
胚胎发育异常相关因素
在胚胎发育的早期，生殖结节分化为阴茎的过程中出现异常。正常情况下，生殖结节会逐渐发育形成一个完整的阴茎，但如果在发育过程中，生殖结节的分化出现偏差，就可能导致重复阴茎的形成。例如，胚胎第5周时，尿生殖窦膜前方的间充质增生形成生殖结节，若此时间充质组织异常增殖并分隔，就可能引发重复阴茎的结构异常。
遗传因素的潜在影响
有研究表明，遗传因素可能在重复阴茎的发生中起到一定作用。虽然目前还没有明确特定的单一基因与重复阴茎直接相关，但家族中如果有过类似畸形的病例，后代出现重复阴茎的风险可能会相对增加。不过，遗传因素并非是唯一的决定因素，只是存在一定的关联可能性。
环境因素的干扰推测
在胚胎发育的关键时期，母亲所处的环境因素也可能对重复阴茎的形成产生影响。比如，母亲在孕期接触某些化学物质、受到辐射等不良环境因素的影响，可能会干扰胚胎正常的发育过程，增加胎儿出现重复阴茎等先天性畸形的几率。但目前对于具体哪些环境因素会产生怎样的影响，还需要更多深入的研究来明确。