扁桃体肥大的治疗方法需根据具体情况而定，一般来说，轻度扁桃体肥大可先观察，中重度肥大且影响呼吸、吞咽等功能时可能需要手术治疗。
观察等待情况
对于一些轻度的扁桃体肥大，若没有明显的症状，比如不影响呼吸、睡眠，也没有经常反复的扁桃体发炎等情况，可以选择观察等待。通常观察3~6个月左右，定期复查，看扁桃体肥大的情况是否有变化。比如有些儿童的扁桃体肥大可能会随着年龄增长而逐渐减轻。
药物治疗方面
如果是扁桃体炎引起的扁桃体肥大急性发作，可使用抗生素治疗。常用的抗生素如青霉素类，像阿莫西林等，不过要根据患者的具体情况，比如是否对青霉素过敏等选择合适的药物。一般抗生素使用疗程通常是7~10天左右，但具体要根据病情恢复情况而定。不过药物治疗主要是针对炎症发作期，控制炎症，减轻扁桃体的充血、肿胀等，但很难使肥大的扁桃体完全恢复到正常大小。
手术治疗情况
当扁桃体肥大导致严重的临床症状时，就需要考虑手术治疗。比如扁桃体肥大引起睡眠呼吸暂停低通气综合征，影响患者的睡眠质量和身体健康，这种情况下通常建议手术切除扁桃体。手术一般是在全身麻醉下进行，术后需要注意伤口护理，一般术后1~2天需要吃流食，如牛奶、粥等，术后1周左右伤口逐渐愈合，可恢复正常饮食。手术的成功率较高，但也存在一定风险，比如出血、感染等，但发生率较低。不过对于一些特殊人群，如凝血功能异常的患者等，手术需要谨慎评估。