治扁桃体肥大的方法需根据具体情况而定，一般来说，轻度扁桃体肥大可以通过保守治疗缓解，而重度的可能需要手术干预。对于一些儿童扁桃体肥大，若没有严重症状，先观察为主。
保守治疗方式
药物治疗：
抗生素使用：如果扁桃体肥大是由细菌感染引起，如A组乙型溶血性链球菌感染，可使用青霉素类等抗生素。但要注意，必须在医生确诊是细菌感染后才能用，不能自行滥用。比如明确是链球菌感染导致的扁桃体急性炎症引发的肥大，可在医生指导下使用青霉素。局部用药：可以使用含漱液，如复方硼砂含漱液，能清洁口腔，减轻扁桃体局部的炎症反应，缓解不适。
生活方式调整：
保持口腔清洁：每天早晚要认真刷牙，饭后可以用清水或淡盐水漱口，保持口腔内清洁，减少细菌滋生，有助于减轻扁桃体的炎症，防止肥大进一步加重。一般建议每次漱口时间持续30秒左右。增强免疫力：让孩子多参加户外活动，保证充足的睡眠，饮食上要营养均衡，摄入足够的蛋白质、维生素等。比如每天保证摄入牛奶、鸡蛋、新鲜蔬菜和水果等，有助于提高身体的抵抗力，减少扁桃体发炎的次数，对扁桃体肥大的改善有帮助。
手术治疗情况
手术指征：
当扁桃体肥大导致呼吸不畅，比如睡眠中出现打鼾、呼吸暂停等情况；或者扁桃体肥大反复发炎，一年发作超过7 - 8次，影响孩子的生活和学习时，就可能需要考虑手术治疗。一般来说，儿童扁桃体肥大如果符合这些严重影响生活的情况，就可以考虑手术。
手术方式：
目前常用的是扁桃体切除术，有传统的剥离法和现在常用的等离子消融术等。等离子消融术相对来说术中出血少，术后恢复相对快一些。但手术也有一定风险，比如出血、感染等，但现在技术比较成熟，风险相对可控。