近视手术可能存在一些危害，比如感染风险，虽然概率较低，但一旦发生可能影响视力恢复，严重的可能导致角膜溃疡等情况。一般来说，近视手术相关的危害还包括干眼症，据统计，约有10% - 30%的人在术后一段时间会出现不同程度的干眼症，表现为眼睛干涩、异物感等。
视力回退问题
术后早期回退： 部分人在近视手术后3 - 6个月内可能出现轻度的视力回退，不过这种情况相对较少，一般回退幅度不大。长期回退： 虽然概率较低，但也有极个别人在术后数年可能出现视力再次下降的情况，不过通常回退幅度不会很大，大多在100度以内。
角膜相关风险
角膜瓣相关问题： 比如在制作角膜瓣过程中，可能出现角膜瓣移位的情况，虽然概率很低，但如果发生可能需要再次手术调整。另外，角膜瓣愈合不良也有可能出现，会影响视力的稳定。角膜扩张风险： 对于一些特殊人群，比如圆锥角膜潜在患者，近视手术可能会诱发角膜扩张，不过这种情况非常罕见，一般在正规医院经过严格术前检查可以有效避免。
眼部其他不适
夜间视力下降： 有部分人在近视手术后会出现夜间视力下降的情况，比如夜间开车时可能感觉视力不如以前，不过大多数人这种情况会随着时间推移逐渐改善。光晕、眩光现象： 术后可能会出现光晕、眩光，尤其是在夜间或光线较暗的环境下，大概有5% - 10%的人会出现这种情况，不过一般也会在3 - 6个月内逐渐减轻。