肛漏主要是由肛管直肠周围脓肿破溃或切开引流后形成的后遗症。一般来说，约50%以上的肛漏是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或手术切开后处理不当引发的。
肛周感染引发
肛腺感染： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受损伤及感染，感染可蔓延至肛腺。肛腺一旦感染，炎症会向周围组织扩散，形成肛管直肠周围脓肿，若脓肿自行破溃或经切开引流后，管道经久不愈就容易形成肛漏。比如，长期腹泻导致肛窦反复受刺激，就增加了肛腺感染的风险。其他肛周感染： 肛周皮肤感染、直肠炎等也可能波及肛管直肠周围组织，引发炎症，进而发展为肛漏。像肛周皮肤长疖肿，若未得到及时有效的处理，炎症扩散也可能累及深部组织形成肛漏。
肠道疾病影响
溃疡性结肠炎： 这是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，肠道长期处于炎症状态，会影响肛管直肠周围组织的正常结构和功能，增加肛漏的发生几率。研究发现，患有溃疡性结肠炎的患者，肛漏的发病风险比正常人高很多。克罗恩病： 是一种慢性炎性肉芽肿性肠道疾病，病变可累及肠道各部位，累及肛管直肠时，容易导致肛周脓肿，进而形成肛漏。克罗恩病患者肛周病变较为常见，肛漏是其常见的并发症之一。
外伤因素导致
肛门直肠外伤： 比如肛门直肠受外来暴力撞击、异物损伤等，会使肛管直肠周围组织受损，细菌容易侵入，引发感染，若感染未能得到妥善处理，就可能形成肛漏。例如，肛门部位遭受重物击打后，局部组织受损，后续感染就有发展为肛漏的可能。医源性损伤： 如在肛门直肠手术过程中，操作不当损伤肛管直肠组织，若术后护理不当，也可能引发感染形成肛漏。像痔疮手术时，如果对肛管直肠组织损伤较大，且术后恢复不佳，就可能出现肛漏并发症。