疣状痣主要是由表皮细胞发育过度引起的表皮肿瘤，其具体发病机制与体细胞突变有关。一般在婴儿期或儿童期就可能出现，表现为密集的丘疹，呈疣状增生。
遗传因素相关情况
基因突变可能性：研究发现部分疣状痣患者存在体细胞的基因突变，不过这种突变并非由父母遗传给子女的那种遗传性基因突变，而是在胚胎发育过程中体细胞发生的突变。比如在胚胎早期的细胞分裂过程中，某个细胞的基因发生了异常变化，导致局部表皮细胞异常增殖，从而形成疣状痣。
胚胎发育时期影响
发育阶段作用：在胚胎发育的早期阶段，也就是怀孕后的前几个月内，若受到一些不利因素影响，可能干扰了表皮细胞的正常分化和增殖。例如母体在孕期接触了某些可能影响胚胎发育的物质，虽然这种情况相对较少见，但存在一定可能性。胚胎发育过程中细胞的迁移、分化出现紊乱，就可能使得局部表皮细胞过度增生，形成疣状痣。
其他可能相关因素
激素水平影响：有观点认为激素水平的变化可能对疣状痣的发生有一定作用，但目前研究还不是特别明确。不过从临床观察来看，部分患者的疣状痣在青春期可能会有一定变化，可能与青春期激素水平波动有关。比如有的患者青春期时疣状痣会略有增大等情况，但这还需要更多研究来证实其具体关联机制。环境因素推测：虽然环境因素不是主要的致病原因，但有学者推测长期处于污染的环境中，可能会增加体细胞突变的几率，从而间接影响疣状痣的发生。不过这方面还需要更多的流行病学调查来进一步确定环境因素与疣状痣之间的确切关系。