咽炎的治疗需根据不同类型选择合适药物，一般来说并没有绝对“最好”的药，但可以针对性用药。比如急性咽炎多由病毒或细菌感染引起，若为细菌感染，可选用青霉素类抗生素，不过具体用药需遵医嘱。
病毒感染引起的咽炎用药
病毒性咽炎： 一般可使用干扰素α等药物，它能抑制病毒复制，但主要用于免疫功能正常的患者短期治疗，通常疗程较短。对于儿童病毒性咽炎，要避免随意用药，需在医生评估后谨慎选择合适的抗病毒辅助药物。
细菌感染引起的咽炎用药
细菌性咽炎： 常用青霉素类抗生素，像阿莫西林等，它通过干扰细菌细胞壁的合成来发挥杀菌作用。不过对青霉素过敏者不能使用，这类患者可考虑使用头孢菌素类药物，如头孢拉定等，但同样要先确认无过敏史。
慢性咽炎用药
慢性咽炎： 可以使用含漱液，如复方硼砂含漱液，它能清洁口腔、杀菌消炎，缓解咽部不适。还可使用含片，如度米芬含片，能直接作用于咽部黏膜，起到抑菌、消炎的效果。但慢性咽炎用药需长期坚持，且要注意避免过度用嗓等不良生活习惯。
过敏引起的咽炎用药
过敏性咽炎： 可使用抗组胺药物，如氯雷他定片，它能拮抗组胺受体，减轻过敏引起的咽部瘙痒、水肿等症状。但服用后可能会有嗜睡等不良反应，驾驶员等需要保持清醒的人群要注意用药后的反应，儿童使用抗组胺药物也需在医生指导下，根据年龄和体重调整剂量。