肠道功能紊乱可以通过一些药物来调理，比如益生菌类药物，像双歧杆菌三联活菌胶囊，它能调节肠道菌群，一般可用于肠道功能紊乱的辅助调理。
益生菌类药物：
双歧杆菌三联活菌胶囊： 它含有长型双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和粪肠球菌，这些都是人体肠道内的正常菌群，能补充有益菌，抑制有害菌生长，调节肠道菌群平衡，从而改善肠道功能紊乱情况。枯草杆菌二联活菌颗粒： 其中含有枯草杆菌和屎肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。
调节胃肠动力药物：
多潘立酮片： 能促进胃肠蠕动，增加胃排空速度，可用于缓解因胃肠动力不足引起的肠道功能紊乱，比如胃胀、早饱、恶心、呕吐等症状。它主要是通过阻滞多巴胺受体而促进胃肠蠕动。莫沙必利片： 也是促进胃肠动力的药物，它能选择性地激动胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5 - HT4受体，促进乙酰胆碱的释放，从而增强胃肠道运动，改善功能性消化不良、肠道功能紊乱引起的相关症状。
抑制胃酸分泌药物：
奥美拉唑肠溶胶囊： 如果肠道功能紊乱是因为胃酸分泌过多刺激肠道导致，奥美拉唑可以抑制胃酸分泌。它属于质子泵抑制剂，能特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制壁细胞中的质子泵（H+-K+-ATP酶）的活性，从而抑制基础胃酸和刺激引起的胃酸分泌。兰索拉唑肠溶片： 同样是抑制胃酸分泌的药物，作用机制与奥美拉唑类似，通过抑制胃酸分泌来缓解因胃酸相关问题引发的肠道功能紊乱，比如胃酸过多导致的肠道不适等情况。在使用药物调理肠道功能紊乱时，还需要注意，儿童使用益生菌类药物时要根据年龄和体重等情况谨慎选择合适剂型；孕妇和哺乳期女性使用相关药物前最好咨询医生；而且药物调理只是一方面，还可以通过调整饮食结构，比如多吃富含膳食纤维的食物，像蔬菜、水果等，保持规律的作息，适当运动等非药物方式来辅助改善肠道功能，药物调理应在医生指导下进行。