肠道功能紊乱可以通过一些药物来调理，比如益生菌类药物就有一定作用，像双歧杆菌制剂，能调节肠道菌群，一般来说这类药物相对比较安全，但具体用药需根据个体情况而定。
益生菌类药物
双歧杆菌四联活菌片： 它能补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，改善肠道功能紊乱引起的腹泻、便秘等问题。一般适用于因肠道菌群失调导致的肠道功能紊乱情况。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 可促进肠道有益菌生长，抑制有害菌繁殖，对肠道功能紊乱有一定的调节作用，常用于治疗肠道菌群失调相关的腹泻、腹胀等症状。
调节胃肠动力药物
多潘立酮片： 能促进胃肠道蠕动，加快胃排空，缓解消化不良、腹胀、恶心、呕吐等因胃肠动力不足引起的肠道功能紊乱症状。但孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利片： 同样是促进胃肠动力的药物，可改善功能性消化不良、胃食管反流病等引起的肠道功能紊乱，它的作用机制是通过激动胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5 - HT4受体，促进乙酰胆碱的释放，从而增强胃肠道运动。
缓解肠道痉挛药物
匹维溴铵片： 主要用于缓解肠道痉挛引起的疼痛等肠道功能紊乱症状，它是一种对胃肠道具有高度选择性解痉作用的钙拮抗药，能特异性地作用于胃肠道平滑肌，不会影响食管下部括约肌的压力，也不引起低血压或心动过速等全身不良反应。颠茄片： 也可缓解肠道痉挛，起到止痛的效果，但青光眼患者禁用，前列腺肥大患者慎用，因为颠茄中的成分可能会加重这类患者的病情。