发烧后全身疼痛的原因主要与代谢和病毒感染相关，需依据具体病因实施药物治疗。
一、代谢方面：发烧时患者身体温度偏高，代谢速率加快，致使乳酸堆积，使得肌肉产生酸痛感，从而出现发烧后全身疼痛的状况。针对这种情况，可以在医生指导下使用药物来缓解，如对乙酰氨基酚、布洛芬颗粒等。
二、病毒感染方面：如果发烧是由病毒感染引起的，体内的病毒可能会对机体肌肉组织造成破坏，进而引发上述症状。此时建议遵循医生的建议服用相关药物进行治疗，例如干扰素、奥司他韦等。
总之，当发烧后出现全身疼痛时，要明确具体原因，然后采取针对性的治疗措施，以有效缓解症状。