肝胆管结石的治疗需根据病情而定，一般来说，对于无症状的肝胆管结石，可定期观察，每3~6个月复查超声等；而有症状或并发症的患者可能需要手术等治疗。
手术治疗方式
胆管切开取石术：
适用于结石局限于肝内、外胆管，且胆管扩张不严重的患者。通过手术切开胆管，直接取出结石，能快速解除胆道梗阻。一般术后恢复需要1~2周左右，但具体恢复时间因个体差异和手术复杂程度不同而有所不同。
肝部分切除术：
如果结石导致病变肝叶萎缩、纤维化，或反复感染等，可能需要切除病变肝叶。比如肝左外叶结石反复引起炎症，就可能需要行肝左外叶切除术。术后恢复时间相对较长，可能需要2~4周甚至更久。
内镜治疗手段
内镜逆行胰胆管造影（ERCP）：
对于胆总管结石，可通过ERCP插入内镜，找到胆管开口，放入取石网篮或球囊取出结石。这种方法创伤较小，术后恢复快，一般术后观察1~2天若无不适即可出院，但有一定的穿孔等并发症风险，发生率约1%左右。
内镜下鼻胆管引流术（ENBD）：
适用于急性胆管炎等情况，通过内镜将鼻胆管置入胆管，引流胆汁，减轻胆道感染，一般引流时间根据病情而定，可能数天到数周。
药物辅助治疗
抗感染药物：
当肝胆管结石引起胆管炎等感染时，会使用抗生素，如头孢曲松等，根据感染严重程度，用药时间一般为3~14天不等。头孢曲松对多种革兰氏阳性菌和阴性菌有效，能控制胆道感染。
溶石药物：
熊去氧胆酸等药物有一定溶石作用，但一般适用于胆固醇结石，对肝胆管结石中的胆红素结石效果有限，而且疗程较长，可能需要服用6个月以上才能看到一定效果，但完全溶石率较低，一般在10%~15%左右。