肝胆管结石的治疗方法需根据病情而定，一般来说，对于较小的肝胆管结石，可先观察；如果结石较大或引起明显症状，手术是重要的治疗手段。目前常用的手术方式有胆管切开取石术，这种手术适用于结石局限于肝内胆管且胆管扩张不严重的患者，通过手术切开胆管直接取出结石，成功率较高，但术后有一定复发可能。
药物辅助治疗
熊去氧胆酸：可以促进胆汁分泌，增加胆汁中胆固醇的溶解度，有助于小的肝胆管结石溶解排出，但一般需要连续服用3 - 6个月甚至更长时间，而且对于较大的结石效果有限。消炎利胆片：能起到清热、祛湿、利胆的作用，可缓解肝胆管结石引起的右上腹隐痛、口苦等症状，但不能直接溶解或取出结石。
手术治疗方式
肝部分切除术：如果肝胆管结石导致局部肝组织出现萎缩、纤维化等病变，为了彻底清除结石并防止复发，可能需要进行肝部分切除术。比如结石集中在某一肝叶，且该肝叶已经发生明显的病理改变，这种手术能从根本上解决问题，但手术创伤相对较大，术后恢复时间较长。胆肠吻合术：对于胆管因结石反复炎症导致狭窄，影响胆汁引流的情况，可采用胆肠吻合术，重建胆汁引流通道，使胆汁能够顺利排出，减少结石复发的风险，但术后可能会有反流性胆管炎等并发症的发生几率。
微创治疗方法
腹腔镜胆管切开取石术：这是一种相对微创的手术方式，通过腹腔镜进行胆管切开取石，与传统开腹手术相比，具有创伤小、恢复快的优点。一般来说，患者术后1周左右可基本恢复饮食，1 - 2周可出院，但对于复杂的肝胆管结石，有时可能需要结合其他操作。经内镜逆行胰胆管造影（ERCP）取石：适用于胆总管结石合并肝胆管结石的情况，通过内镜找到胆管开口，插入导管至胆管内，利用取石网篮等工具取出结石。但该方法对于肝内较深部位的结石效果不佳，而且有引发胰腺炎等并发症的可能，发生率约为2% - 10%。