治疗直肠炎常用的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。一般来说，根据直肠炎的类型和病情轻重选择合适药物，比如轻中度溃疡性直肠炎常可先用氨基水杨酸制剂。
氨基水杨酸制剂：
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，适用于轻中度直肠炎。它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症反应。美沙拉嗪： 也属于氨基水杨酸制剂，疗效与柳氮磺吡啶相似，但不良反应相对较少。有口服剂型和栓剂、灌肠剂等局部剂型，局部剂型对于直肠炎直接作用于病变部位，效果较好。
糖皮质激素：
氢化可的松琥珀酸钠灌肠剂： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度及重度直肠炎患者可使用。通过局部给药，发挥抗炎作用，减轻直肠黏膜的炎症、水肿等。但长期使用可能会有一些副作用，如局部刺激等，所以需要在医生严格指导下使用。泼尼松： 属于口服的糖皮质激素，对于病情较重的直肠炎患者可能会用到，但一般是在氨基水杨酸制剂效果不佳时考虑使用，因为口服糖皮质激素全身副作用相对较多，如可能导致骨质疏松、血糖升高等。
免疫抑制剂：
硫唑嘌呤： 对于一些慢性反复发作的直肠炎患者，在糖皮质激素治疗效果不好或有激素依赖时可考虑使用。它通过抑制免疫反应来发挥作用，但起效相对较慢，一般需要数月才能看到明显效果，而且使用过程中需要监测血常规、肝功能等指标，因为可能会引起白细胞减少、肝功能损害等不良反应。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于直肠炎的治疗，尤其是一些对其他药物治疗反应不佳的情况，同样需要密切监测相关指标。
益生菌制剂：
双歧杆菌四联活菌片： 直肠炎患者肠道菌群可能失调，益生菌制剂可以调节肠道菌群，改善肠道微生态环境，辅助治疗直肠炎。它能补充肠道有益菌，抑制有害菌的生长，有助于维持肠道正常的消化和吸收功能以及免疫功能等。枯草杆菌二联活菌颗粒： 也可以用于直肠炎的辅助治疗，帮助恢复肠道菌群平衡，缓解因肠道菌群失调引起的相关症状，如腹泻等情况（直肠炎可能伴有腹泻症状）。