直肠炎的治疗药物需根据病因等情况选择，一般来说，常用的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。比如轻度溃疡性直肠炎可选用柳氮磺吡啶等氨基水杨酸制剂，而对于重度的可能需要糖皮质激素如泼尼松等。
氨基水杨酸制剂类药物
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症反应。适用于轻、中度直肠炎患者。美沙拉嗪： 也属于氨基水杨酸制剂，有口服剂型和栓剂等。栓剂可直接作用于直肠部位，局部抗炎效果较好，能缓解直肠炎引起的腹泻、腹痛等症状。
糖皮质激素药物
泼尼松： 属于全身性应用的糖皮质激素，对于病情较重的直肠炎患者，如出现严重的炎症反应、腹痛剧烈等情况，可考虑使用。但长期使用可能会有一些副作用，如骨质疏松、免疫力下降等。氢化可的松： 也可用于直肠炎的治疗，可通过灌肠等局部给药的方式，直接作用于直肠炎症部位，起到抗炎的作用。不过使用时要注意观察是否有局部刺激等不良反应。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或有激素依赖的直肠炎患者。它通过抑制免疫系统的活性来减轻炎症反应，但起效相对较慢，一般需要服用一段时间后才能看到效果，而且可能会有骨髓抑制等副作用，用药期间需定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于一些慢性直肠炎的治疗，尤其适用于那些对其他药物治疗效果不理想的患者，但同样要注意其可能带来的不良反应。