生殖器根部隐隐作痛可能与多种原因有关，以下是一些可能的情况：
1.外伤：生殖器根部受到外力撞击、挤压或拉伤等，可能导致疼痛。
2.感染：细菌、病毒或真菌感染生殖器部位，如尿道炎、前列腺炎等，可能引起疼痛和不适感。
3.精索静脉曲张：精索内的静脉回流受阻，导致精索蔓状静脉丛迂曲、伸长和扩张，可出现阴囊下坠和胀痛，有时还可累及腹股沟区和下腹部。
4.附睾炎：附睾发生炎症，可导致阴囊部位疼痛，并伴有附睾肿大。
5.睾丸扭转：精索扭转或睾丸自身扭转，会导致睾丸剧痛。
6.其他原因：生殖器根部的肿瘤、结石、疝气等也可能引起疼痛。
如果出现生殖器根部隐隐作痛的情况，建议采取以下措施：
1.注意休息：避免长时间站立或久坐，减轻生殖器部位的压力。
2.保持局部清洁：每天清洗生殖器，保持局部清洁干燥。
3.避免刺激：避免穿过紧的内裤、牛仔裤等，减少对生殖器的摩擦和刺激。
4.观察症状变化：如果疼痛持续加重或伴有其他症状，如发热、排尿困难等，应及时就医。
5.就医检查：医生会进行详细的体格检查和必要的实验室检查，如血常规、尿常规、超声等，以确定疼痛的原因，并制定相应的治疗方案。
需要注意的是，以上内容仅供参考。如果疼痛持续不缓解或伴有其他严重症状，应及时就医，以便获得准确的诊断和治疗。