闭经的原因有多种。一般来说，闭经可能由内分泌失调引起，比如垂体分泌的促性腺激素异常，约有15% - 20%的闭经与下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的内分泌调节紊乱有关。
内分泌失调相关原因
下丘脑性闭经： 精神应激是常见因素，像突然的精神打击、过度紧张等，会影响下丘脑功能，导致闭经。另外，体重变化也与之相关，体重过轻（体脂含量过低）或过重，都可能干扰下丘脑分泌促性腺激素释放激素，从而引发闭经，大约有30%的下丘脑性闭经与体重异常有关。垂体性闭经： 垂体肿瘤是一个重要原因，例如催乳素瘤，会异常分泌催乳素，抑制排卵，进而导致闭经。还有席汉综合征，是由于产后大出血休克，导致垂体缺血坏死，垂体功能减退，引起闭经，这种情况在产后大出血的女性中约有5% - 10%会出现闭经相关表现。
卵巢性闭经
卵巢早衰： 女性在40岁以前出现卵巢功能减退，就会导致闭经。其发病机制可能与遗传因素、自身免疫性疾病等有关，大约有1% - 3%的女性在40岁前会发生卵巢早衰而闭经。卵巢切除或组织破坏： 手术切除双侧卵巢，或者卵巢受到放疗、化疗等因素破坏，都会使卵巢功能丧失，引起闭经。比如因卵巢肿瘤进行手术切除双侧卵巢后，就会出现闭经情况。
子宫性闭经
子宫内膜损伤： 人工流产次数过多，或者刮宫过度，会损伤子宫内膜基底层，导致宫腔粘连，引起闭经。据统计，人工流产后发生宫腔粘连导致闭经的概率约为5% - 10%。子宫内膜炎： 严重的子宫内膜炎，如结核性子宫内膜炎，会破坏子宫内膜，影响月经来潮，进而导致闭经，这种情况在结核高发地区相对较常见。