自身免疫性疾病种类繁多，目前已发现的自身免疫性疾病超过100种。
一、结缔组织病相关的自身免疫性疾病
系统性红斑狼疮： 这是较为常见的自身免疫性疾病，多见于育龄女性，患者会出现面部红斑、口腔溃疡、关节疼痛等多种症状，病情可累及肾脏、血液系统等多个脏器。类风湿关节炎： 主要侵犯关节，导致关节肿胀、疼痛、畸形，多发生在双手小关节，病情呈慢性进展，会逐渐破坏关节功能。
二、内分泌系统相关的自身免疫性疾病
1型糖尿病： 是由于自身免疫系统攻击胰岛β细胞，导致胰岛素分泌绝对不足引起的。患者需要依赖胰岛素治疗，发病年龄可在儿童或青少年期，也有成年发病的情况。自身免疫性甲状腺疾病： 包括格雷夫斯病和桥本甲状腺炎等。格雷夫斯病会使甲状腺激素分泌过多，出现多汗、心慌、手抖、甲状腺肿大等症状；桥本甲状腺炎则可能导致甲状腺功能减退，表现为乏力、怕冷、水肿、甲状腺肿大等。
三、神经系统相关的自身免疫性疾病
重症肌无力： 患者会出现肌肉无力的症状，尤其以眼外肌、吞咽肌等受累较为常见，表现为眼睑下垂、吞咽困难、说话无力等，症状具有晨轻暮重的特点。多发性硬化： 是中枢神经系统脱髓鞘疾病，会影响神经信号的传导，导致患者出现视力障碍、肢体无力、感觉异常等多种神经系统症状，病情具有复发缓解的特点。
四、消化系统相关的自身免疫性疾病
自身免疫性肝炎： 是由自身免疫反应介导的肝脏炎症性疾病，多见于女性，起病隐匿，可表现为乏力、黄疸、肝脾肿大等，病情如果得不到有效控制，可能会发展为肝硬化、肝衰竭等严重后果。溃疡性结肠炎： 是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，主要累及直肠和结肠，表现为腹泻、黏液脓血便、腹痛等症状，病情容易反复发作，长期患病可能增加结肠癌的发病风险。