灰指甲的治疗方法有多种，常用的外用药物如阿莫罗芬搽剂，每周使用1-2次，一般需要连续使用数月才能看到较好效果。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂： 属于局部抗真菌药，能干扰真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时需先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上，每周使用1-2次。环吡酮胺乳膏： 也是外用抗真菌药，通过改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌细胞的代谢过程来发挥作用。可以直接涂抹在病甲及周围皮肤，每天使用1-2次。
口服药物治疗
伊曲康唑胶囊： 是一种合成的三氮唑类抗真菌药，作用机制是高度选择性干扰真菌的细胞色素P450的活性，从而抑制真菌细胞膜上麦角固醇的合成。采用冲击疗法，即连续服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2-3个疗程。但需要注意的是，肝功能不全者禁用，用药期间需定期监测肝功能。特比萘芬片： 能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，使真菌细胞膜形成过程中角鲨烯堆积，导致真菌细胞死亡。一般成人每次0.25克，每天1次，连续服用6-12周，儿童用药需谨慎，肝功能不全者也要慎用。
手术拔甲治疗
对于单发的灰指甲，可以考虑手术拔甲。手术拔甲时会将病甲拔除，但手术创伤较大，术后恢复需要一定时间，而且术后容易复发，现在临床上相对应用较少，多用于病情严重、外用和口服药物治疗效果不佳的情况。术后要注意保持伤口清洁，避免感染，定期换药。
综合治疗注意事项
在治疗灰指甲的过程中，要注意个人卫生，保持足部或手部的清洁干燥，避免与他人共用拖鞋、毛巾等物品，防止交叉感染。同时，要坚持按照疗程用药，不要随意中断治疗，因为真菌比较顽固，需要一定的时间才能将其彻底清除。如果是患有糖尿病等基础疾病的患者，要积极控制基础疾病，因为这类患者灰指甲的治疗相对更复杂，且容易复发。