婴儿蛲虫确诊主要通过夜间肛周检查虫卵等方法。一般可以在患儿入睡后1~3小时，仔细观察其肛周皮肤，用透明胶纸粘贴肛周，然后将胶纸贴在载玻片上镜检，若发现蛲虫卵即可确诊，这是比较常用的诊断方式。
肛周检查法：
夜间观察： 因为蛲虫通常在夜间爬出肛门产卵，所以家长可以在婴儿入睡后1 - 2小时，打开灯光，仔细查看婴儿的肛周皮肤。此时能看到白色细小的线虫在肛周蠕动。透明胶纸法： 准备透明胶纸，在清晨婴儿未排便前，用胶纸粘贴婴儿肛周皮肤，然后将胶纸置于载玻片上，借助显微镜观察，若发现蛲虫卵则可确诊。这种方法操作相对简便，能有效检测出虫卵。
粪便检查法：
直接涂片法： 取婴儿新鲜粪便少量，均匀涂抹在载玻片上，然后镜检。但蛲虫产卵主要在肛周，所以粪便中检出虫卵的阳性率相对较低，一般在30%左右，不过如果粪便中刚好有排出的蛲虫体也能确诊。饱和盐水浮聚法： 将粪便与饱和盐水混合后离心，使虫卵漂浮在盐水表面，然后取表面液体镜检。这种方法对于检测蛲虫卵有一定帮助，但同样存在阳性率不是特别高的情况，因为蛲虫产卵特点导致粪便中虫卵数量相对较少。
临床症状辅助判断：
肛周瘙痒： 婴儿会经常不自觉地搔抓肛周，因为蛲虫在肛周产卵时会刺激肛周皮肤，引起瘙痒感。这种瘙痒感在夜间往往会更加明显，婴儿可能会因此睡眠不安稳。胃肠道症状： 部分婴儿可能会出现胃肠道不适症状，如轻微的腹痛、恶心、呕吐等，但这些症状不具有特异性，不能仅凭此确诊蛲虫感染，但可以作为辅助诊断的依据之一。如果婴儿同时出现肛周瘙痒以及上述胃肠道症状，再结合检查结果则更有助于确诊蛲虫感染。