肝脓肿通常是由细菌、真菌或其他微生物感染引起的。比如，大约有一半以上的肝脓肿是由大肠埃希菌等肠道细菌感染导致的。
感染途径之一：经胆道感染
胆道蛔虫带入细菌： 当肠道内有蛔虫时，蛔虫可能会钻入胆道，从而将肠道内的细菌带入肝脏，引发感染形成肝脓肿。比如，有研究发现约10% - 15%的肝脓肿患者是因胆道蛔虫继发细菌感染所致。胆管结石引发： 胆管结石会导致胆道梗阻，胆汁淤积，容易滋生细菌，进而感染肝脏形成脓肿。有数据显示，胆管结石患者中发生肝脓肿的比例相对较高。
感染途径之二：经门静脉感染
肠道感染扩散： 患有阑尾炎、细菌性痢疾等肠道感染性疾病时，细菌可经门静脉系统进入肝脏。例如，阑尾炎患者的细菌可能通过门静脉转移到肝脏，引发肝脓肿。肠道炎症影响： 肠道炎症性病变，如溃疡性结肠炎等，也可能使细菌经门静脉进入肝脏，增加肝脓肿的发病风险。
感染途径之三：经肝动脉感染
身体其他部位感染灶： 当身体其他部位有感染灶，如肺炎、皮肤感染等，细菌可通过肝动脉播散到肝脏。比如，肺部感染时，细菌随血流经肝动脉到达肝脏，引发肝脓肿。心内膜炎相关： 感染性心内膜炎患者，细菌栓子可经肝动脉进入肝脏，从而导致肝脓肿的发生。
感染途径之四：直接蔓延感染
邻近器官感染波及： 如膈下脓肿、胆囊炎等邻近器官的感染可直接蔓延至肝脏，引起肝脓肿。例如，严重的胆囊炎可能会蔓延到肝脏，引发肝脓肿。腹部外伤后感染： 腹部受到外伤后，若伤口感染，细菌可直接侵入肝脏，导致肝脓肿。有统计表明，腹部外伤后发生肝脓肿的概率约为一定比例，但具体数值因外伤情况而异。