细菌性结膜炎主要通过局部用药治疗，一般经过规范治疗，数天内可改善症状。比如细菌性结膜炎常用的抗生素眼药水有左氧氟沙星滴眼液等，能抑制细菌生长。
局部用药选择
抗生素滴眼液： 常用的有左氧氟沙星滴眼液，它对引起细菌性结膜炎的常见病菌有较好的抑制作用。还有妥布霉素滴眼液，也是针对细菌感染的有效药物，可抑制细菌蛋白质合成来发挥杀菌功效。眼膏使用： 晚上睡觉前可使用红霉素眼膏，它能在眼部形成一层保护膜，持续发挥抗菌作用，且药物在眼部停留时间相对较长，有助于夜间持续抗菌。
一般治疗注意事项
保持眼部清洁： 要用干净的毛巾或棉球蘸取生理盐水轻轻擦拭眼睛，清除眼部分泌物，每天可进行2 - 3次清洁，保持眼部相对清洁的环境，利于病情恢复。避免交叉感染： 患者使用的毛巾、手帕等物品要单独存放，并且定期进行煮沸消毒，一般煮沸10 - 15分钟即可达到消毒效果，同时要避免用手揉眼睛，防止将细菌再次揉入眼睛加重感染。
特殊人群护理
儿童患者： 儿童使用滴眼液时要小心，可轻轻拉开下眼睑，将药液滴入结膜囊内，一次1 - 2滴，每天3 - 4次，用药时要避免药液直接滴在角膜上。同时要告知儿童不要用手去触碰眼睛，家长要监督做好眼部护理。孕妇患者： 孕妇患细菌性结膜炎时，用药要谨慎，应在医生指导下选择相对安全的眼药水，比如在医生评估后可能会选择对胎儿影响较小的药物，并且要遵循医生的用药建议，密切观察眼部症状变化。