三天吃了两次避孕药可能会导致避孕失败，且可能引起月经紊乱等不良反应。具体如下：
一、如果吃的是紧急避孕药：
1.越早吃效果越好，但不一定能百分百成功避孕。
2.过于频繁服用可能引发月经紊乱等症状。其有激素类和非激素类两类，通常应在无保护性生活后3日（72小时）内服用，有效率较高。
3.若因药物副作用出现严重呕吐导致药品吐出，会降低药效进而导致避孕失败。
4.吃后月经推迟1周以上需排除妊娠可能。同时不能作为常规避孕方法反复使用，频繁服用可能导致月经紊乱，如月经量增多、月经期延长、不规则阴道流血等，对女性健康有危害。
二、如果吃的是短效避孕药：
1.需要一段时间内每天规律用药，三天吃两次说明有漏服现象。
2.可能导致体内性激素水平明显改变，起不到有效避孕作用，从而引起避孕失败。
此外，如果女性对避孕药及其辅助成分过敏需禁止使用以免出现严重过敏反应。建议在专业妇产科医生指导下使用避孕药，以尽量减少不良反应发生几率。
总之，三天吃两次避孕药可能出现避孕失败和多种不良反应，使用时需注意相关事项，根据具体情况合理选择和使用。