HPV疫苗接种后可能出现一些副作用症状，常见的有接种部位的局部反应，如疼痛、红肿、硬结等，一般在接种后几天内出现，通常会自行缓解。
全身症状方面
部分人可能出现全身不适，像乏力、低热等，低热一般体温多在37.5℃ - 38℃左右，持续时间较短，多数1 - 2天可恢复正常。
过敏反应情况
少数人可能发生过敏反应，表现为皮疹、瘙痒、呼吸困难等，若出现严重过敏反应需立即就医处理。
特殊人群情况
对于孕妇，目前不建议接种HPV疫苗，因为其副作用对孕妇和胎儿的影响还需进一步观察确定；而哺乳期女性接种HPV疫苗后，一般对乳汁及婴儿影响较小，但仍需密切关注自身及婴儿的反应。