父母染色体正常，孩子仍有可能出现异常。据统计，约有15% - 20%的出生缺陷是由非染色体异常因素导致的，比如基因突变、环境因素等。
基因突变导致的异常
新发基因突变： 即使父母染色体正常，孩子也可能发生新发的基因突变。人体细胞在分裂过程中，偶尔会出现DNA复制错误等情况，从而产生新的突变。这种突变可能会导致孩子出现一些遗传性疾病，例如某些单基因遗传病，像地中海贫血，虽然父母染色体正常，但孩子可能因自身基因发生突变而患病。隐性基因携带： 父母可能是某些隐性致病基因的携带者，虽然自身染色体正常，但双方携带的隐性致病基因有可能在孩子体内纯合，从而引发疾病。比如父母都是囊性纤维化基因的携带者，他们生育的孩子有25%的概率患囊性纤维化。
环境因素影响
孕期感染： 孕妇在孕期感染某些病毒，如风疹病毒、巨细胞病毒等，可能会影响胎儿发育，导致孩子出现异常。例如孕妇在早孕期感染风疹病毒，约有10% - 20%的胎儿会出现先天性心脏病、白内障、耳聋等多种畸形。孕期接触有害物质： 孕妇在孕期接触放射性物质、某些化学毒物等，也会增加孩子异常的风险。比如长期接触苯、甲醛等化学物质的孕妇，其孩子发生智力发育迟缓、先天性畸形的概率会升高。
其他因素
孕期用药不当： 孕妇在孕期不合理使用药物，一些药物可能会通过胎盘影响胎儿发育，导致孩子异常。例如孕妇在早孕期服用某些抗肿瘤药物、抗癫痫药物等，可能会引起胎儿畸形。母体自身疾病： 孕妇本身患有某些疾病，如糖尿病、甲状腺功能异常等，如果控制不佳，也会影响胎儿发育。比如孕妇患有未控制的糖尿病，胎儿出现巨大儿、畸形、早产等异常的风险会增加。