婴儿蛋白质过敏是否会自愈取决于过敏严重程度，部分情况会自愈。婴儿蛋白质过敏是因摄入含蛋白质食物后，免疫系统将其视为入侵病原，释放特异性免疫球蛋白并与食物结合生成诸多化学物质从而引发过敏症状。
一、若婴儿蛋白质过敏症状较轻，仅出现皮肤红肿，在远离过敏原后通常是会自愈的。
二、但如果过敏症状严重，如出现皮肤红肿、喉头疼痛、皮肤瘙痒、腹泻等情况，一般是难以自愈的。对于此类症状严重的患者，需要及时在医生指导下口服抗过敏药物进行治疗，比如西替利嗪、氯雷他定片等，还可局部涂抹炉甘石洗剂，其具有止痒作用，能缓解皮肤瘙痒症状。
婴儿蛋白质过敏在日常生活中一定要远离含蛋白质的食物，避免反复接触过敏食物而导致婴儿反复过敏。
总之，婴儿蛋白质过敏的自愈情况要视具体症状轻重而定，严重时需及时治疗，且日常要做好防护。