牙齿开髓引流一般规范操作下危害较小，但少数情况可能出现一些问题。通常来说，正规操作的开髓引流本身是治疗牙髓炎等疾病的必要手段，不过也可能存在一些潜在情况。
术后感染风险
局部感染扩散： 如果开髓引流操作时消毒不严格，有可能导致细菌进一步扩散，虽然这种情况发生概率较低，但一旦出现，可能引发周围组织的感染，不过临床上通过严格的无菌操作可以大大降低这种风险。全身感染表现： 极个别严重情况下，细菌可能进入血液循环，引起全身感染症状，如发热等，但这种情况非常罕见，发生率低于0.1%。
疼痛相关情况
短暂疼痛加重： 在开髓引流后的短时间内，部分患者可能会出现短暂的疼痛加重现象，一般1 - 2天内会逐渐缓解。这是因为牙髓内的压力突然释放，周围组织有一个适应过程。长期疼痛残留： 极少数患者可能会出现开髓引流后疼痛持续不缓解的情况，可能是因为牙髓病变较为复杂，单纯开髓引流不能完全解决问题，需要进一步治疗，但这种情况占比不到5%。
对牙齿结构的影响
牙体组织轻微损伤： 开髓引流需要去除部分牙体组织来建立引流通道，在操作过程中，有可能对牙齿的正常结构造成极轻微的损伤，不过这种损伤非常小，不会对牙齿的整体功能产生明显影响。牙齿脆性增加： 如果牙齿本身病变严重，经过开髓引流后，由于牙髓被去除，牙齿的营养供应受到一定影响，长期来看可能会使牙齿的脆性稍有增加，但只要后续进行适当的修复，一般不影响正常使用，通常观察5年以上这种影响不显著。
对患者心理的影响
焦虑情绪产生： 部分患者在开髓引流后可能会产生焦虑情绪，担心治疗效果等问题。不过通过医生及时的沟通解释，一般1 - 2周内这种焦虑情绪可得到缓解。尤其是儿童患者，可能会因为害怕而产生恐惧心理，需要家长配合医生进行安抚，但这不属于开髓引流本身的直接危害，而是心理层面的影响。