病毒性结膜炎主要通过局部用药治疗，一般1-2周左右可逐渐恢复。
局部药物治疗
抗病毒眼药水：常用的有阿昔洛韦滴眼液，它能抑制病毒DNA聚合酶，阻止病毒复制，从而发挥抗病毒作用。还有更昔洛韦眼用凝胶，也可用于病毒性结膜炎的治疗，能有效抑制病毒感染。糖皮质激素眼药水：如果炎症反应较严重，如出现明显的结膜水肿等情况，可在医生评估后使用，像氟米龙滴眼液，但要注意长期使用可能会引起眼压升高等副作用，需定期监测眼压。
一般护理措施
隔离防护：病毒性结膜炎具有传染性，要注意隔离，避免传染给他人。患者使用的毛巾、手帕等物品要单独清洗消毒，避免与他人共用。一般建议隔离2周左右，防止病毒传播。避免揉眼：患者要尽量避免用手揉眼睛，因为揉眼可能会加重炎症，还可能导致病毒进一步扩散。如果感觉眼睛痒等不适，可通过轻轻眨眼等方式缓解。注意休息：患病期间要保证充足的休息，让身体有较好的状态来对抗病毒。每天保证7-8小时的睡眠时间，有助于身体恢复。
特殊人群注意事项
儿童患者：儿童患病毒性结膜炎时，使用眼药水要更加谨慎。在选择药物时，要选择儿童适用的剂型，并且使用时要避免药物进入口腔引起不必要的反应。同时，要告知孩子不要用手揉眼，家长要帮助孩子做好眼部的护理。孕妇患者：孕妇患病毒性结膜炎时，用药需格外小心。应在医生指导下选择对胎儿影响较小的药物，避免使用可能会对胎儿产生不良影响的药物。在进行眼部护理时，要注意操作的轻柔，避免对眼部造成过度刺激。