大便排不净感可能由多种原因引起。比如，约有20% - 30%的肠易激综合征患者会出现这种情况。
肠道疾病导致
肠道炎症： 像结肠炎，包括溃疡性结肠炎和克罗恩病，炎症会刺激肠道黏膜，导致肠道蠕动功能紊乱，从而出现大便排不净感，还可能伴有腹痛、腹泻等症状。例如溃疡性结肠炎患者，肠道黏膜会有充血、水肿甚至溃疡，影响大便的正常排出。肠道肿瘤： 结直肠癌也可能引发大便排不净感，随着肿瘤的生长，会占据肠道空间，使肠腔变窄，导致大便通过受阻，同时还可能伴有大便形状改变、便血等症状。早期结直肠癌可能症状不典型，容易被忽视。
肛门直肠疾病导致
痔疮： 尤其是内痔，当内痔较大时，会突出到肛门内，刺激直肠黏膜，让人总有便意，但实际排便量少。比如Ⅲ度内痔，痔核会经常脱出肛门外，排便后也难以完全回缩，就会持续有大便排不净感。直肠脱垂： 直肠黏膜或全层向下移位，会感觉直肠内有异物，有大便排不净感，同时可能伴有肛门坠胀感，严重时在行走、咳嗽等腹压增加时也会有直肠脱出的情况。
饮食生活因素导致
膳食纤维摄入不足： 如果日常饮食中蔬菜、水果等富含膳食纤维的食物吃得太少，肠道蠕动会减慢，大便在肠道内停留时间过长，水分被过度吸收，变得干结，就容易出现大便排不净感。一般建议成人每天摄入膳食纤维25 - 30克左右，如果长期低于这个量，就可能引发肠道功能问题。不良排便习惯： 比如长期憋便，会使直肠对粪便的敏感性降低，粪便在肠道内积聚，也会导致大便排不净感。还有久坐不动的人，肠道蠕动相对缓慢，也容易出现这种情况。