结石的治疗方法有多种，比如对于肾结石，直径小于0.6厘米的结石，约有80%~90%的患者可以通过大量饮水、适度运动等保守治疗排出结石，每天饮水量需达到2000~3000毫升以上。
药物治疗
利尿剂类药物： 可以增加尿液生成，帮助小结石排出，常见的有呋塞米等，但使用时需在医生指导下，因为可能会有电解质紊乱等副作用。溶石药物： 对于尿酸结石等特定类型的结石，别嘌醇等药物可以通过降低尿酸水平来溶解部分结石，但起效相对较慢，一般需要长期服用并监测尿酸等指标。
手术治疗
体外冲击波碎石： 利用冲击波聚焦后击碎体内结石，适用于直径在2~5厘米左右的肾结石或输尿管上段结石。治疗时患者一般不会有明显痛苦，但可能需要多次治疗，而且对于一些质地坚硬的结石效果可能不佳。输尿管镜取石术： 经尿道插入输尿管镜，找到结石后用激光等将结石击碎取出，适合中下段输尿管结石以及一些较小的肾结石。术后需要注意尿道护理，预防感染。经皮肾镜取石术： 通过腰部穿刺建立通道进入肾脏，取出结石，适用于较大的肾结石，如直径大于2厘米的结石。这种手术创伤相对较大，但取石较彻底。
内镜治疗
腹腔镜下取石： 对于某些胆囊结石等情况，腹腔镜手术是常用方法，通过几个小切口插入腹腔镜和手术器械取出结石。术后恢复相对较快，创伤比传统开腹手术小很多，但也需要注意术后伤口护理和胆囊切除后的消化功能调整等问题。膀胱镜取石： 用于膀胱结石的治疗，经尿道插入膀胱镜，找到结石后取出或击碎取出。对于一些较小的膀胱结石可以直接取出，较大的结石可能需要先击碎再取出。