直肠粘膜内脱垂的治疗方式需根据病情严重程度等因素来定。一般来说，轻度的直肠粘膜内脱垂可以通过非手术治疗等方式改善，而中重度可能需要手术干预。
非手术治疗方式
生活方式调整：
饮食方面： 要多吃富含膳食纤维的食物，每天保证摄入足够的膳食纤维，一般建议成人每天膳食纤维摄入量在25~30克左右。比如多吃蔬菜，像芹菜、菠菜等，还有水果，如苹果、香蕉等，以及全谷类食物，如糙米、燕麦等。通过增加膳食纤维摄入来保持大便通畅，避免便秘，因为便秘会加重直肠粘膜内脱垂的症状。排便习惯培养： 要养成良好的排便习惯，尽量每天定时排便，每次排便时间不宜过长，最好控制在5~10分钟以内。避免在排便时长时间蹲坐或者用力过度。
盆底肌锻炼：
凯格尔运动： 可以进行凯格尔运动来锻炼盆底肌。具体做法是收缩盆底肌肉，每次收缩持续3~5秒，然后放松，重复进行，每组10~15次，每天进行3~4组。通过长期坚持凯格尔运动，有助于增强盆底肌的力量，对直肠粘膜内脱垂有一定的改善作用。不过要注意正确掌握凯格尔运动的方法，如果方法不正确可能达不到锻炼效果甚至可能加重症状。
手术治疗情况
吻合器痔上黏膜环切术（PPH）：
对于一些中重度的直肠粘膜内脱垂患者可以考虑PPH手术。这种手术是利用吻合器环形切除直肠下端黏膜和黏膜下组织，同时进行吻合，达到向上悬吊直肠黏膜的目的。该手术具有创伤相对较小、恢复相对较快等优点，但也存在一定的手术风险，如出血、感染、吻合口狭窄等并发症的可能。
直肠黏膜纵行折叠术：
这也是一种针对直肠粘膜内脱垂的手术方式。通过将直肠黏膜做纵行折叠缝合，缩短松弛的黏膜，从而改善直肠粘膜内脱垂的情况。手术需要根据患者的具体病情来确定折叠的程度等，术后也需要注意护理，防止出现感染等并发症，并且要遵循医生的术后康复指导进行恢复。