扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起的，其中细菌和病毒是常见的致病因素。例如，A组乙型溶血性链球菌是引发扁桃体发炎较常见的细菌病原体，而病毒方面，像腺病毒、鼻病毒等都可能导致扁桃体发炎，据统计，超过一半的扁桃体发炎是由病毒感染引发的。
感染因素导致
细菌感染： 最常见的细菌是A组乙型溶血性链球菌，此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可能引起扁桃体发炎。这些细菌通常是通过空气飞沫传播或者直接接触传播，当人体抵抗力下降时，它们就容易侵入扁桃体引发炎症。比如在学校、幼儿园等人群密集场所，细菌传播比较容易，儿童就较易因细菌感染出现扁桃体发炎。病毒感染： 多种病毒都能导致扁桃体发炎，像腺病毒、鼻病毒、EB病毒等。以腺病毒为例，它引起的扁桃体发炎往往会伴有发热、咽喉疼痛等症状，而且具有一定的传染性，可通过呼吸道飞沫传播。病毒感染引发的扁桃体发炎有时具有自限性，但也可能合并细菌感染加重病情。
免疫力因素影响
自身免疫力低下： 当人体自身免疫力低下时，比如长期劳累、睡眠不足、营养不良等情况，身体抵御病原微生物的能力就会减弱，这时候就更容易受到细菌或病毒的侵袭，从而引发扁桃体发炎。例如，一些经常熬夜加班的人，相对来说扁桃体发炎的几率会比作息规律的人高一些。儿童免疫力尚不完善： 儿童的免疫系统还在发育过程中，相对较弱，所以儿童患扁桃体发炎的概率比成人更高。尤其是3 - 10岁的儿童，扁桃体处于活跃期，更容易受到病原微生物的攻击而发炎。
环境因素作用
空气污染： 长期处于空气污染较为严重的环境中，空气中的有害颗粒、化学物质等会刺激扁桃体，降低扁桃体的抵抗力，增加扁桃体发炎的风险。比如在工业污染严重的地区，或者雾霾天气较多的时候，人们患扁桃体发炎的可能性会有所增加。季节变化： 在季节交替的时候，气温变化较大，如果没有及时增减衣物，人体容易受凉，从而影响扁桃体的正常功能，使得病原微生物容易侵入引发发炎。像秋冬季节交替或者冬春季节交替时，扁桃体发炎的患者数量往往会增多。