扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起，其中细菌和病毒是常见的致病因素。比如A组乙型溶血性链球菌是引发扁桃体发炎较为常见的细菌病原体，而病毒方面，像腺病毒、鼻病毒等都可能导致扁桃体发炎，据统计，超过一半的扁桃体发炎是由病毒感染引起的。
病原体感染因素
细菌感染： 最常见的是A组乙型溶血性链球菌，此外，葡萄球菌、肺炎链球菌等也可能引发扁桃体发炎。这些细菌通常在人体抵抗力下降时趁机侵入扁桃体，繁殖并引发炎症反应。病毒感染： 多种病毒可导致扁桃体发炎，例如腺病毒、鼻病毒、EB病毒等。病毒感染往往具有一定的传染性，通过空气飞沫、直接接触等途径传播，当人体免疫力降低时，病毒容易侵犯扁桃体引发炎症。
自身抵抗力因素
免疫力低下时： 当人体过度疲劳、营养不良、缺乏锻炼等，会使自身免疫力下降，此时扁桃体抵御病原体的能力减弱，就容易受到细菌或病毒的侵袭而发炎。比如长期熬夜的人，身体处于疲劳状态，免疫力降低，就比作息规律的人更易发生扁桃体发炎。儿童及青少年时期： 这个阶段的人群扁桃体处于活跃期，相对更容易受到病原体的攻击。儿童的免疫系统还在发育中，抵抗力较弱，所以儿童扁桃体发炎的概率相对较高，尤其是3 - 10岁的儿童较为常见。
环境因素
季节变化影响： 在季节交替的时候，气温变化较大，人体容易受到外界环境的影响。比如秋冬季节，天气寒冷，人们穿着厚重，室内外温差大，呼吸道容易受到刺激，扁桃体也更容易发炎。空气污染影响： 长期处于空气污染严重的环境中，空气中的有害颗粒、化学物质等会刺激扁桃体，损伤扁桃体的黏膜屏障，使扁桃体容易被病原体感染引发炎症。例如在工业污染严重的地区，居民患扁桃体发炎的几率可能相对较高。