宝宝发烧39度多但不咳嗽、不流鼻涕，可能由以下原因引起：
1.幼儿急疹：这是一种婴幼儿常见的发疹性传染病，可能会突然高热，体温在数小时内可升至39℃-40℃，一般发热持续3-5天后体温骤退，同时或稍后出疹，皮疹为红色斑丘疹，散布在躯干、颈部及上肢，皮疹消退后不留痕迹。
2.川崎病：这是一种以全身性血管炎为主要病变的急性发热出疹性小儿疾病，可能会出现发热，体温常达39℃以上，抗生素治疗无效，发热5天以上，伴下列5项中的4项者，排除其他疾病即可诊断为川崎病：①四肢变化：掌跖红斑，手足硬性水肿；恢复期蜕皮；②多形性红斑；③眼结合膜充血，非化脓性；④唇充血、干裂，口腔黏膜充血，草莓舌；⑤颈部淋巴结肿大。
3.疫苗接种后反应：宝宝接种疫苗后，可能会出现一些不良反应，如发热、局部红肿等。如果宝宝在接种疫苗后出现发热，且体温较高，可能是疫苗接种后的反应。
4.其他感染：除了病毒和细菌感染外，宝宝还可能因其他病原体感染而发热，如支原体、衣原体、真菌等。
5.自身免疫性疾病：某些自身免疫性疾病也可能导致宝宝发热，如幼年特发性关节炎等。
6.药物热：宝宝因某些药物过敏或药物副作用，也可能出现发热。
以上信息仅供参考，如果宝宝出现持续高热或其他异常症状，建议及时就医，以便明确诊断并采取相应的治疗措施。