宝宝发烧39度但不咳嗽、不流鼻涕，可能由以下原因引起：
1.幼儿急疹：这是一种婴幼儿常见的发疹性传染病，可能会高热3-5天后，体温突然降至正常，同时出现红色斑丘疹。
2.上呼吸道感染：上呼吸道感染可引起发热，部分患儿也可能不咳嗽、不流鼻涕。
3.其他感染：如泌尿系统感染、脑膜炎、脑炎等，也可能出现发热，而不伴咳嗽、流涕等症状。
4.疫苗接种后反应：部分宝宝在接种疫苗后会出现发热，一般为低热，也可能高达39度，但通常会在1-2天内自行消退。
针对这种情况，可以采取以下措施：
1.给宝宝多喝水，以补充因发热导致的水分流失。
2.注意保持宝宝的皮肤清洁，及时更换汗湿的衣物。
3.可以使用温水擦拭宝宝的颈部、腋窝、肘窝、腹股沟等部位，帮助散热。
4.如果宝宝体温持续升高或出现精神萎靡、呼吸急促等异常情况，应及时就医。
5.在医生的指导下，合理使用退烧药，如布洛芬或对乙酰氨基酚。
需要注意的是，以上内容仅供参考。由于引起发热的原因较多，且宝宝的病情可能会发生变化，因此在处理宝宝发热时，最好及时就医，以便明确病因，并采取相应的治疗措施。