慢性升结肠炎的治疗药物需根据病情来选。一般常用的有氨基水杨酸制剂，像柳氮磺吡啶，它能在肠道内分解出5-氨基水杨酸，起到抗炎作用，不过可能会有恶心、呕吐等不良反应，对磺胺过敏者禁用。
糖皮质激素药物
泼尼松：属于全身性的糖皮质激素，能快速减轻炎症反应，但长期使用可能会引起骨质疏松、血糖升高等问题，孕妇和有严重精神病史者要慎用。氢化可的松：可局部灌肠使用，直接作用于肠道炎症部位，相对全身性副作用小一些，但也可能出现局部刺激等情况。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤：适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或有激素依赖的患者，用药期间要定期监测血常规和肝功能，因为可能会抑制骨髓造血和影响肝功能。巯嘌呤：作用机制与硫唑嘌呤类似，也需要密切关注血液系统和肝脏功能的变化。
生物制剂类药物
英夫利西单抗：是一种抗肿瘤坏死因子的生物制剂，对于重度的慢性升结肠炎有较好的疗效，但使用前需要进行结核等感染筛查，因为可能会增加感染风险，而且价格相对较高。阿达木单抗：同样属于生物制剂，也需要严格评估患者的感染情况等才能使用。