显著窦性心律不齐可能会带来一些潜在危害。一般来说，单纯的显著窦性心律不齐如果没有基础心脏疾病，可能危害相对较小，但如果合并其他心脏问题则可能有不同影响。
对心脏功能的影响
可能影响心脏泵血效率：显著窦性心律不齐可能导致心脏在收缩和舒张时的节律不稳定，一定程度上会影响心脏的正常泵血功能。比如在一些情况下，心脏的充盈和射血可能不能很好地协调，长期下来可能会使心脏的整体工作效率降低。增加心律失常风险：显著窦性心律不齐有可能是心脏电活动紊乱的一种表现，这种紊乱可能会进一步引发其他类型的心律失常，像房性心律失常等。一旦出现其他心律失常，可能会让患者感觉心悸、胸闷等不适症状加重，甚至可能影响心脏的正常供血。
对身体其他系统的影响
影响脑部供血：心脏泵血功能受影响后，脑部的供血也可能会受到牵连。因为心脏是向脑部输送血液的重要器官，若心脏泵血不稳定，脑部得到的血液供应就可能出现波动，进而导致患者出现头晕、乏力等症状，尤其是在体位改变时，这种头晕等不适可能会更明显。影响生活质量：显著窦性心律不齐会让患者经常感觉到身体不适，比如心悸、胸闷等，这些不适症状会干扰患者的日常生活和工作，降低患者的生活质量，使患者容易产生焦虑等不良情绪，而焦虑又可能反过来加重心律不齐的症状，形成一个不良循环。
合并其他疾病时的危害
合并冠心病时：如果显著窦性心律不齐合并冠状动脉粥样硬化性心脏病（冠心病），那么心脏的供血供氧情况会进一步恶化。因为冠心病本身就存在冠状动脉狭窄等问题，再加上心律不齐导致的心脏泵血异常，会使心肌缺血的情况更加严重，可能引发心绞痛发作频繁，甚至增加心肌梗死的发生风险。合并心肌病时：当显著窦性心律不齐合并心肌病，如扩张型心肌病等，心肌病本身已经影响了心肌的结构和功能，再加上心律不齐的干扰，会使心脏的功能雪上加霜，患者可能会更快地出现心力衰竭等严重并发症，表现为呼吸困难、水肿等，严重影响患者的生存质量和寿命。