肾结石患者的疼痛部位多样，通常主要有腰部或上腹部疼痛。一般来说，当肾结石较小在肾脏内移动时，常表现为腰部隐痛或胀痛；而当结石较大，引起肾盂或输尿管梗阻时，会出现较为剧烈的肾绞痛，疼痛多位于腰部或上腹部，可向同侧下腹部、腹股沟、大腿内侧放射。
疼痛的具体表现形式
腰部隐痛或胀痛：
结石较小情况：当肾结石体积比较小，在肾脏内活动度相对较大时，患者可能会感觉到腰部有隐隐的疼痛或者胀痛，这种疼痛往往不剧烈，可能在长时间行走、运动后会稍微明显一些。比如一些直径小于0.5厘米的肾结石，就可能引发腰部这种相对较轻微的疼痛。长期存在的小结石：如果肾结石长期存在于肾脏内，没有引起明显的梗阻，也可能会持续出现腰部的隐痛或胀痛感，患者可能会感觉腰部有不太舒服的感觉，但还能忍受。
肾绞痛：
结石梗阻时：当肾结石较大，或者位置不佳，导致肾盂或输尿管梗阻时，就会引发肾绞痛。这种疼痛非常剧烈，像刀割一样。比如结石卡在肾盂输尿管连接处或者输尿管中时，患者会突然感到一侧腰部或上腹部有剧烈的疼痛，然后这种疼痛会向同侧的下腹部、腹股沟、大腿内侧放射。疼痛发作时患者往往难以忍受，可能会在床上翻滚、大汗淋漓等。一般这种肾绞痛可能持续几分钟到数小时不等。
其他伴随的疼痛情况：
合并感染时：如果肾结石同时合并了泌尿系统感染，那么除了上述的腰部或上腹部疼痛外，还可能伴有下腹部的疼痛，同时可能会有尿频、尿急、尿痛等症状。比如患者在出现肾结石疼痛的同时，还老是想排尿，而且排尿时尿道有灼热感等。结石移动时：当结石在肾脏或输尿管内移动时，除了引起疼痛外，还可能导致血尿。如果是比较小的结石导致的黏膜损伤，可能会出现镜下血尿，通过尿液检查才能发现；如果是较大的结石损伤比较严重，可能会出现肉眼可见的血尿，尿液看起来像洗肉水样。